Utöver hämningen av skadliga bakterier finns det flera vetenskapliga studier som talar för att probiotika har fler positiva effekter på hälsan:

1. Probiotika förbättrar toleransen mot laktos. Genom att mjölksyrabakterier sänker laktosnivån både i maten och i tarmen underlättas för personer som inte själva kan bryta ner laktos.
 
2. När probiotika fermenterar kolhydrater i tjocktarmen bildas organiska syror i tarmen som i sin tur kan underlätta upptaget av kalcium, magnesium och järn. De korta fettsyrorna som bildas stimulerar också tarmens rörlighet och motverkar därmed förstoppning. 
 
3. Motverkar infektioner. Flera olika studier har visat att probiotika både kan verka förebyggande och behandla olika infektioner. Bland de tillstånd som studerats är: Rotavirusdiarré, Clostridium difficile-diarré, turistdiarré, Crohns sjukdom, irritabel tjocktarm, magsår samt infektion i vagina orsakad av jästsvampen Candida.