En ekologisk Arlabonde bekämpar ogräs genom att harva, men framförallt genom en väl planerad växtföljd, vilket betyder att inte samma gröda odlas på samma mark flera år i rad. En varierad växtföljd, eller växelbruk som det ibland kallas, gör det mycket svårare för skadedjur och sjukdomar att spridas eftersom grödorna varieras. Ogräs och skadeinsekter som trivs i en gröda, trivs oftast inte lika bra i en annan. På de ekologiska Arlagårdarna används inte naturfrämmande bekämpningsmedel* för att få bort ogräs, svamp och skadliga insekter.
När man avstår från naturfrämmande bekämpningsmedel ökar den biologiska mångfalden. Det är positivt för ekosystemens motståndskraft mot exempelvis klimatförändringar. Men det är viktigt att betona att en ökad biologisk mångfald inte innebär att det bara är skyddsvärda arter och biotoper som ökar utan det kan även vara trivialflora och fauna som gynnas. En annan fördel med att inte använda naturfrämmande bekämpningsmedel är att man minskar risken att förorena grundvatten och vattendrag
*Ett fåtal naturfrämmande bekämpningsmedel är tillåtna i ekoproduktion, till exempel järnfosfat (mot sniglar), kaliumbikarbonat (mot svamp) svavel (mot svamp och kvalster).