Med probiotika menas kulturer av levande bakterier som kan påverka tarmens bakterieflora i positiv riktning. Alla mjölksyrabakterier uppfyller dock inte kraven för att kallas probiotika. Viktigaste kraven är att bakterien är medicinskt säker, att den har bevisade positiva hälsoeffekter och att den ger bra produkter. För att vara verksam måste mikroorganismen överleva både i produkt men också i magsäckens sura miljö och gallsyrorna innan det når tunn- och tjocktarm.

Det är väl belagt att probiotika hämmar tillväxten av skadliga bakterier, men exakt hur det går till är inte klarlagt. Sannolikt konkurrerar probiotika ut skadliga bakterier genom att konkurrera om näringen och ge dem minskat tillträde till tarmväggen. Data talar även för att probiotika stimulerar immunsystemet och gör det mer aktivt.

Ett av probiotikas verkningssätt är att producera starka syror (mjölksyra och ättiksyra) vilket sänker pH-värdet och motverkar syrakänsliga bakterier. På så sätt kan probiotika bevara eller återställa tarmens normalflora. Det är även troligt att probiotika utsöndrar lågmolekylära ämnen, exempelvis diacetyl, acetaldehyd, väteperoxid och koldioxid, som både hämmar och dödar bakterier.