Orsaken till obalansen kan vara antibiotikabehandlingar, främmande bakterier, stress eller dålig kosthållning. Vid en antibiotikakur slås delar av normalfloran ut och skadliga bakterier får möjlighet att växa till.
Vi får i oss allt mindre av nyttiga bakterier, framför allt mjölksyrabakterier. Det finns därför en allt mindre "buffert" av nyttiga bakterier i tarmen. Vid stress eller slarvig kosthållning är det lätt att tarmfloran rubbas. Man kan då få förstoppning, diarré, magsmärtor och gasbildning. Dessa symtom är oftast behandlingsbara och övergående. Ett annat problem är kroniska magbesvär som allt fler drabbas av.
Clostridium difficile är ett exempel på en bakterie som finns normalt i lågt antal i tjocktarmen utan att göra någon skada. Men om bakteriefloran rubbas av någon anledning, till exempel när en antibiotikabehandling slår ut en stor del av tarmens normala bakterieflora, kan klostridierna börja föröka sig okontrollerat. Bakteriegiftet som då bildas ger upphov till en diarré som kan vara allt från lindrig till livshotande. Infektion med Clostridium difficile är idag ett stort problem
inom sjukvården.
E.coli finns det många olika varianter av, både vänliga och skadliga. De sprids ofta via födan och orsakar till exempel turistdiarré. Andra hör till tarmens normalflora och konkurrerar med de farligare varianterna. E.coli är en mycket vanlig orsak till urinvägsinfektion, framför allt hos kvinnor.
